Mais informações sobre comandos no Linux...

Depois de acessar o Linux por SSH ou abrir o terminal, toda a administração do sistema pode ser feita em modo texto, na linha de comando. E saber os comandos é fundamental. Para se ter uma referência sobre como funcionam os comandos e quais parâmetros podem ser utilizados, o comando man (Manual) é o mais indicado. Ao executar man nome_do_comando, por exemplo man ls, será mostrado o manual com as funcionalidades e parâmetros existentes.
Abaixo um exemplo da saída da execução do comando man ls em um sistema operacional Linux sendo acessado por SSH:

Os comandos, na verdade, são aplicações e utilitários que não possuem uma interface gráfica para funcionamento. Então, estas aplicações são executadas por um interpretador de comandos chamado de shell. Existem diversos tipos de shell, sendo o mais comum o Bash.  Cada interpretador de comandos possui as suas particularidades e a criação de scripts (shell script) poderá sofrer alterações de acordo com cada shell.
Abaixo, um exemplo de programação com shell script usando o Bash que manda e-mail para os aniversariantes do dia:

Neste script, deve ser passado o nome do arquivo contendo as informações  do grupo de pessoas as quais estão interessadas em saber os aniversários umas das outras. Um exemplo de um arquivo de texto contendo as informações, dia do aniversário, nome, e-mail e sexo, dos aniversariantes para ser usado no script:

São usados os seguintes utilitários neste script:

E as funções embutidas no Bash utilizadas foram as seguintes:

É perceptível que o shell possui recursos de uma linguagem de programação. E junto com os utilitários possibilitam a criação de scripts bastante robustos e flexíveis. Para saber as funcionalidades dos utilitários do script, rodem o comando man no terminal do Linux ou pesquisem nas listas comentadas a seguir.

Uma lista bem legal, com comandos para Linux/FreeBSD é a Unix Toolbox. Está diponível em PDF aqui, para imprimir e encadernar!
Outras listas bem interessantes de comandos para Linux são por meio de cheat sheets, ou sejam, guias rápidos com o resumo dos comandos. Um lista com diversos guias destes pode ser encontrada aqui.

Referências:
Top 10 Best Cheat Sheets and Tutorials for Linux / UNIX Commands
Bash Reference Manual
Shell Commands
Directory of Linux Commands